Oddelenie finančnej učtárne zabezpečuje vzmysle platných právnych predpisov vedenie podvojného účtovníctva za EU v Bratislave ako celok. Ako súčasť informačnej sústavy poskytuje podklady pre vypracovanie správy o hospodárení a pre štatistiku, informácie o stave a pohybe hospodárskych prostriedkov, ako aj ďalšie informácie, ktoré sú významným nástrojom riadenia.
V súlade s platnými predpismi likviduje cestovné náhrady pri tuzemských pracovných cestách. Vedie agendu odberateľských faktúr. Zabezpečuje bezhotovostný platobný styk so Štátnou pokladnicou, v ktorej má univerzita otvorené a vedené bankové účty. Súčasne zabezpečuje zakladanie nových bankových účtov a ich rušenie. Vedie daňovú agendu na daň z pridanej hodnoty a daň z príjmov právnických osôb. Za činnosť oddelenia zodpovedá jeho vedúci zamestnanec kvestorovi.
