Oddelenie pre vedu a doktorandské štúdium EU v Bratislave (OVaDŠ EU v Bratislave) koncepčne zabezpečuje činnosti v oblasti vedy a doktorandského štúdia, vertikálne riadi a horizontálne koordinuje vedeckovýskumnú činnosť na EU v Bratislave s interdisciplinárnym zameraním. Pripravuje podkladové a koncepčné materiály pre riadiacu činnosť Vedenia EU v Bratislave.
Národné centrum európskych a globálnych štúdií SR na EU v Bratislave (NCEGŠ na EU v Bratislave) je celouniverzitným pracoviskom EU v Bratislave, ktorého úlohou je rozvíjať výskum a inovatívne prístupy pre dynamický vývoj Slovenska a jeho regiónov v kontexte s ideami formujúcimi súčasný globálny svet i Európu a s uplatnením interdisciplinarity prístupov i difúzie inovácie prostredníctvom domácich a zahraničných kooperačných sietí.