Právny referát (PR EU) vykonáva náročné odborné práce spočívajúce najmä v koncepčnej činnosti a príprave pre rozhodovanie zameranej na právnu agendu rektorátu EU, jeho pracovísk, fakúlt EU a všetkých ostatných zariadení a celouniverzitných pracovísk. Vykonáva špecializované, koncepčné práce a práce s rôznymi komplikovanými väzbami medzi rôznymi právnymi odbormi činnosti. Pripravuje a vydáva podzákonné normy.

Zabezpečuje vedenie podvojného účtovníctva za EU ako celok v zmysle platných právnych predpisov. Zodpovedá za správnosť ročnej účtovnej závierky, poskytuje podklady pre vypracovanie správy o hospodárení EU. Vyhotovuje štatistické výkazy. Zabezpečuje bezhotovostný platobný styk so Štátnou pokladnicou, v ktorej sú vedené všetky bankové účty EU. Súčasne zabezpečuje zakladanie nových bankových účtov a ich rušenie.

Zodpovedá za vykonávanie činností v oblasti plánu a rozpočtu EU. Pripravuje návrh rozpočtu v súlade s rozpočtovou klasifikáciou na jednotlivé pracoviská EU, podklady na rozhodovanie v oblasti rozpočtu a financovania činnosti EU, sleduje čerpanie finančných prostriedkov  z dotácie štátneho rozpočtu podľa organizačného, programového, funkčného a ekonomického členenia.

Oddelenie ekonomiky práce a mzdovej učtárne (OEPaMU EU) pripravuje návrh rozpisu dotácie mzdových prostriedkov až na jednotlivé pracoviská EU a na Ministerstvo školstva SR. Sleduje čerpanie mzdových prostriedkov podľa programov, podprogramov, kategórií pracovníkov, pracovísk a položiek. Vyhotovuje štatistické výkazy a vypracováva rozbory. Vykonáva agendu priznávania všetkých platových náležitostí zamestnancom EU.

Vytvára pracovné podmienky pre zabezpečenie výchovnovzdelávacej a vedeckovýskumnej činnosti univerzity. Zabezpečuje autoprevádzku, energetické hospodárstvo, správu a ochranu majetku, vnútorné služby (upratovacia, strážna a spojovacia služba, podateľne, záhradnícke práce a pod.), opravu a údržbu technických, technologických a ostatných zariadení EU. Zabezpečuje tovary a služby hradené z bežných výdavkov formou verejného obstarávania, skladové hospodárstvo v oblasti kancelárskych potrieb.