Oddelenie finančnej učtárne zabezpečuje vzmysle platných právnych predpisov vedenie podvojného účtovníctva za EU v Bratislave ako celok. Ako súčasť informačnej sústavy poskytuje podklady pre vypracovanie správy o hospodárení a pre štatistiku, informácie o stave a pohybe hospodárskych prostriedkov, ako aj ďalšie informácie, ktoré sú významným nástrojom riadenia.

Oddelenie pre plán a rozpočet zodpovedá za vykonávanie činností v oblasti plánu a rozpočtu EU v Bratislave. Spracováva návrh rozpočtu EU v Bratislave na trojročné obdobie vrozpočtovom informačnom systéme Štátnej pokladnice podľa pokynov MŠVVaŠ SR. Pripravuje návrh rozpisu rozpočtu v súlade s rozpočtovou klasifikáciou na pracoviská univerzity. Spracúva podklady na rozhodovanie voblasti rozpočtu afinancovania EU vBratislave.

Oddelenie pre verejné obstarávanie v zmysle platného zákona o verejnom obstarávaní komplexne zabezpečuje agendu verejného obstarávania týkajúcu sa dodávky tovarov, uskutočnenia stavebných prác a poskytnutia služieb. V rámci informačného systému EU v Bratislave vedie a vykonáva aktualizáciu zoznamu tovarov, stavebných prác a služieb, v spolupráci s organizačnými súčasťami EU v Bratislave zostavuje na príslušný rok plán verejného obstarávania a vykonáva jeho aktualizáciu, vykonáva ostatné činnosti potrebné pre fungovanie informačného systému EU za modul verejného obstarávania.

Oddelenie ekonomiky práce a mzdovej učtárne pripravuje návrh rozpisu dotácie z MŠVVaŠ SR mzdových prostriedkov na jednotlivé pracoviská EU v Bratislave. Sleduje čerpanie mzdových prostriedkov podľa programov, podprogramov, kategórií zamestnancov, pracovísk a položiek. Vyhotovuje štatistické výkazy a vypracováva rozbory. Vykonáva agendu priznávania všetkých platových náležitostí zamestnancom EU v Bratislave.

Oddelenie prevádzky a investícií zabezpečuje agendu energetického hospodárstva, autoprevádzku, vnútorné služby (upratovacia, strážna služba, podateľne, záhradnícke práce), opravu a údržbu technických, technologických a ostatných zariadení, skladové hospodárstvo. V súlade s vymedzenými právomocami zabezpečuje nákup tovarov a služieb. Kompletizuje požiadavky na obstaranie. Uskutočňuje revíznu činnosť vybraných technických zariadení. Zabezpečuje predprojektovú a projektovú prípravu stavieb, rekonštrukcií a modernizácií arealizáciu schválených akcií. Zabezpečuje technický dozor, záverečné vyhodnotenia stavieb, pripravuje podklady na zaradenie stavieb do majetku univerzity a zabezpečuje ich uvedenie do prevádzky; vypracúva rozbory hospodárenia za investičnú oblasť a podklady do výročných správ.