Oddelenie ekonomiky práce a mzdovej učtárne pripravuje návrh rozpisu dotácie z MŠVVaŠ SR mzdových prostriedkov na jednotlivé pracoviská EU v Bratislave. Sleduje čerpanie mzdových prostriedkov podľa programov, podprogramov, kategórií zamestnancov, pracovísk a položiek. Vyhotovuje štatistické výkazy a vypracováva rozbory. Vykonáva agendu priznávania všetkých platových náležitostí zamestnancom EU v Bratislave.
Vykonáva spracovanie miezd zamestnancom univerzity, v súvislosti s tým vykonáva agendu zdravotného, celého sociálneho poistenia, doplnkového dôchodkového poistenia, agendu dávok pri dočasnej pracovnej neschopnosti, agendu daní z príjmov fyzických osôb vrátane ročného zúčtovania, vrátane agendy daňového bonusu a vyhotovovania podkladov pre daňové priznania, agendu dôchodkového zabezpečenia. Vykonáva agendu evidencie dohôd o prácach vykonávaných mimo pracovného pomeru a vyplácania odmien za práce vykonávané mimo pracovného pomeru za celú EU v Bratislave, vrátane plnenia povinností voči Sociálnej poisťovni a zdravotným poisťovniam. Za činnosť oddelenia zodpovedá jeho vedúci kvestorovi.
