Referát civilnej ochrany zabezpečuje v podmienkach EU v Bratislave úlohy civilnej ochrany v zmysle zákona číslo 42/1994 Z. z. o civilnej ochrane obyvateľstva v znení neskorších predpisov a vykonávacích predpisov, ako aj úlohy vzmysle zákona č. 319/2002 Z. z. o obrane Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov. Za činnosť referátu zodpovedá pracovník referátu priamo rektorovi.
