EU v Bratislave sa hlási k hodnotám a princípom zakotveným v Magna Charta Universitatum. V súlade s uvedeným dokumentom univerzita najmä:
- rozvíja svoju činnosť na princípoch autonómnosti, morálnej a vedeckej nezávislosti od politiky a rešpektuje akademické slobody,
- uplatňuje princíp neoddeliteľnosti vzdelávacej činnosti od vedy a výskumu,
- podporuje kritické myslenie v tvorivej činnosti zamestnancov univerzity,
- odmieta neznášanlivosť a podporuje dialóg vo všetkých oblastiach činnosti univerzity,
- uplatňuje a rozvíja tradície a hodnoty demokracie a európskeho humanizmu,
- rozvíja tradície európskeho dialógu a podporuje interakciu medzi kultúrami,
- rešpektuje a uplatňuje princíp rovnosti príležitostí.
Okrem rešpektovania vyššie uvedených hodnôt a princípov univerzita podporuje a oceňuje v správaní a v postojoch učiteľov, zamestnancov a študentov najmä:
- morálnu integritu,
- povedomie spoločenskej zodpovednosti a jej aktívne uplatňovanie,
- uplatňovanie zmyslu pre povinnosť, výkonnosť a kvalitu v práci a štúdiu,
- uplatňovanie princípu dodržiavania pravidiel a základných dokumentov univerzity a na ne nadväzujúcu zodpovednosť za vlastné konanie a zodpovednosť voči EU v Bratislave a celej spoločnosti,
- lojálny postoj k univerzite, inštitucionálnu spolupatričnosť a verejné obhajovanie jej záujmov,
- snahu o neustály integrálny osobnostný rozvoj a celoživotné vzdelávanie bez rozdielu pozície na univerzite,
- inovatívnosť a tvorivosť, zmysel pre tímovú prácu,
- dodržiavanie zásad profesijnej etiky vo vzťahu dovnútra univerzity i vo vzťahu k vonkajšiemu prostrediu,
- medziľudskú empatiu, vzájomnú úctu a toleranciu, ochotu viesť konštruktívny dialóg a diskusiu.
V súlade so svojím poslaním, princípmi a hodnotami sa univerzita usiluje formovať študentov tak, aby sa uplatnili nielen ako odborne erudovaní ekonómovia, manažéri a iní odborníci v spoločensko-ekonomickej praxi, ale aby sa vo svojom profesijnom a občianskom živote správali v súlade s hodnotami, ktoré univerzita vyznáva a presadzuje.