Ekonomická univerzita v Bratislave od svojho vzniku prešla rôznymi zmenami, ktoré sa týkali zmien názvu, zamerania, obsahu štúdia, ako aj organizačnej štruktúry.
Začiatok vzniku školy sa datuje od októbra 1940, kedy obchodné a priemyselné komory – bratislavská, banskobystrická a prešovská zriadili súkromnú Vysokú obchodnú školu v Bratislave (VOŠ), ktorej vláda udelila právo verejnosti.
Vznik vysokej školy ekonomického zamerania na Slovensku si vynútila skutočnosť, že v roku 1939 medzi zatvorenými českými vysokými školami bola aj Vysoká škola obchodná v Prahe, na ktorej získavali ekonomické vzdelanie i slovenskí študenti. Vysoká obchodná škola v Bratislave existovala do konca školského roka 1944/45. Nariadením Slovenskej národnej rady č. 34/1945 SB.n.SNR bola škola poštátnená a premenovaná na Slovenskú vysokú školu obchodnú. Od roku 1949 bol tento názov zmenený na Vysoká škola hospodárskych vied. Vládnym nariadením č. 40/1952 sa upravil názov školy na Vysoká škola ekonomická (VŠE). Na základe zákona č. 292/1992 Zb. SNR zo dňa 28.4.1992 bol tento názov zmenený na Ekonomická univerzita v Bratislave.
So vznikom školy sú spojené mená takých významných osobností ako boli prof. PhDr. Jur Hronec, prof. Ing. Július Pázman, prof. Ing. Vladimír Králiček, DrSc. prof. Ing. Ladislav Cicvárek a ďalší. Práve zásluhou týchto nadšencov sa v roku 1940 položili základy ekonomickej vzdelanosti na Slovensku.
Vysoká obchodná škola začala svoju činnosť bez vlastných priestorov. Pedagogický proces sa realizoval v prenajatých priestoroch na rôznych miestach Bratislavy. Za pomoci Bratislavskej obchodnej a priemyselnej komory sa v pomerne krátkom čase podarilo zakúpiť pre Vysokú obchodnú školu dve budovy na Palisádach.
Podstatné zlepšenia v priestorovom zabezpečení nastalo v roku 1960, kedy sa Vysoká škola ekonomická nasťahovala do novostavby budovy Univerzity Komenského v Bratislave na ul. Odbojárov. Niektoré pracoviská však zostali aj naďalej v pôvodných priestoroch školy na Palisádach a na Konventnej ulici. Priestorová situácia školy aj naďalej zostávala problémom číslo jeden, preto škola bola nútená urobiť viaceré zmeny v dislokácii svojich pracovísk, resp. vybudovať nové objekty v areáli školy na ul. Odbojárov.
Túto nevyhovujúcu situáciu mala vyriešiť výstavba nového areálu Vysokej školy ekonomickej v Bratislave – Petržalke na Dolnozemskej ceste, ktorý by v jednom komplexe naplnil všetky požiadavky, kladené na výučbu, vedu a výskum, na ubytovanie a stravovanie. Výstavba komplexu sa začala v roku 1983. Prvý objekt Výučba 1 bol daný do užívania v roku 1991, do ktorého sa presťahovali Národohospodárska fakulta a Obchodná fakulta, druhý objekt Výučba 2 v roku 1996, do ktorého sa presťahovali Fakulta hospodárskej informatiky, Fakulta podnikového manažmentu a ostatné pracoviská školy. Výstavbou areálu v Petržalke dostala Ekonomická univerzita v Bratislave dôstojný stánok, aký jej ako ustanovizni celoslovenského významu právom patrí.
Ekonomická univerzita v Bratislave od svojho vzniku vychovala viac ako 113-tisíc absolventov pre potreby rozvoja ekonomickej vedy, hospodárskej praxe a štátnej správy, ktorí pôsobia vo všetkých sférach národného hospodárstva, na všetkých stupňoch riadenia ekonomiky, mnohí reprezentujú našu vlasť na rôznych postoch v zahraničí.
V súčasnosti na siedmych fakultách EU v rôznych formách študuje viac ako 7-tisíc študentov, z ktorých mnohí získali zahraničné štipendiá, čo svedčí o dobrej úrovni ich prípravy na Ekonomickej univerzite v Bratislave. Absolvent školy je ekonóm, ktorý ovláda všeobecné ekonomické teórie, osvojil si poznatky z národohospodárskej politiky, podnikového hospodárstva, manažmentu, marketingu, financií, kvantitatívnych metód v ekonómii, informatiky, práva a ďalších disciplín využívaných v hospodárskej praxi a ktorý dokáže komunikovať aspoň v dvoch svetových jazykoch. Absolvent školy je adaptabilný a zároveň učiaci sa človek, ktorý po nastúpení do zamestnania si ďalej osvojuje potrebné pracovné návyky, ale aj nové teoretické poznatky týkajúce sa predovšetkým objektu práce.
Základným dokumentom fungovania a právneho postavenia Ekonomickej univerzity bol od r. 1990 Štatút Ekonomickej univerzity v Bratislave. Ten bol aktualizovaný po prijatí novely vysokoškolského zákona v roku 1996. Podľa štatútu je poslaním Ekonomickej univerzity v Bratislave poskytovať vysokoškolské vzdelanie a rozvíjať poznanie na základe tvorivého vedeckého bádania v oblasti ekonómie, humanitných a spoločenských vied. Najvyšším samosprávnym orgánom univerzity je akademický senát. Akademický senát tvoria volení zástupcovia akademickej obce EU a jej zodpovedajú za svoju činnosť. Akademickú obec EU, ktorá volí akademický senát, tvoria učitelia, vedeckí a výskumní pracovníci, odborní pracovníci s vysokoškolským vzdelaním a študenti. Akademickým orgánom je vedecká rada, ktorej predsedom je rektor. Úlohy a kompetencie vedeckej rady sú zakotvené v Štatúte Ekonomickej univerzity v Bratislave. Najvyšším predstaviteľom univerzity a jej štatutárnym zástupcom je rektor. Poradnými orgánmi rektora sú kolégium rektora a vedenie EU.
